почему атом является исходным уровнем химической организации материи?

Ответы:

потому что именно строение атома (его электронна конфигурация, заряд ядра и т.д.) определяют его свойства материи. Например, свойствами соответствующих атомов определяется разница в температурах кипения углеводорода, родственного ему спирта и амина.